Les relacions entre el PNB i l'església catòlica, apostòlica i romana no passen per un bon moment. L'enfrontament que mantenen contrasta encara més si es té en compte que la fe cristiana està unida al partit basc des del 1895, quan el fundà Sabino Arana, un catòlic integrista mogut al llarg de la seva vida pel lema: "Nosaltres per a Euskadi i Euskadi per a Déu".
La reforma de la llei de l'avortament impulsada pel PSOE i la designació del nou bisbe de Sant Sebastià són les dues raons que expliquen la tibantor dels penebistes amb les jerarquies eclesiàstiques. La formació d'Iñigo Urkullu recolza la millora de la llei de l'avortament i rebutja les amenaces d'excomunicació llençades pel secretari general dels bisbes espanyols, Juan Antonio Martínez Camino, contra els polítics que permetin la seva aprovació al Congrés dels Diputats. El president del PNB s'ha ofert com a escut per salvar les ànimes dels seus parlamentaris a Madrid: "L'Església catòlica podria eximir els diputats perquè l'únic que faran serà complir una directriu de partit. Un partit que té una estructura, una forma d'organitzar-se i el màxim responsable d'aquest partit sóc jo. Si els bisbes busquen a algú que estigui en pecat públic que mirin al president de l'executiva nacional del PNB i deixin estar als diputats que l'únic que fan és representar les decisions adoptades democràticament en una organització política".
Les qüestions morals al voltant del dret a la vida dels no nascuts acaparen el debat sobre l'avortament. En canvi, la política, en concret la qüestió nacional, està al darrere de la polèmica originada a Guipúscoa arran la designació de José Ignacio Munilla com a nou bisbe de la diòcesi. Munilla és l'aposta del Vaticà per substituir Juan Mari Uriarte al capdavant d'un bisbat tradicionalment abertzale. Uriarte deixa la plaça vacant perquè es jubila, circumstància que ha sabut aprofitar el president de la Conferència Episcopal Espanyola, Rouco Varela, per suggerir a la Santa Seu el nom de Munilla.
Recomanació que a l'ultraconservador Benet XVI ja li va bé perquè Munilla, donostiarra de 48 anys, és un home vinculat a l'Opus Dei. Amb l'aval del Papa, Rouco té una oportunitat magnífica per fumigar la diòcesi guipuscoana de basquistes. L'espanyolista Munilla intentarà redreçar la línia pastoral practicada fins ara en aquest racó d'Eukadi per Setién i Uriarte. No ho tindrà pas fàcil. El 80% dels capellans de Guipúscoa han signat un manifest contra el nou bisbe que prendrà possessió del càrrec el pròxim 9 de gener a l'església del Bon Pastor de Sant Sebastià. Religió i política es tornen a donar la mà i l'episodi Munilla és sols una vessant més de la croada iniciada per l'Estat contra tot el nacionalisme basc: esquerra abertzale il·legalitzada, PNB foragitat del govern basc i ara un bisbe espanyol que pretén redreçar el rumb de la descarrilada Guipúscoa.
El projecte "normalitzador" que Zapatero i Rajoy han dissenyat per a Euskal Herria té, oficialment, el suport de l'església espanyola i també la benedicció del Vaticà. Es tanca així una doble tenalla, terrenal i celestial, per eliminar tots els reductes de poder o de pensament abertzale i sotmetre el poble basc a les directrius polítiques de Madrid i a les espirituals de Roma.
