L'episodi de l'incendi de Sant Joan té una derivada interessant sobre les relacions internes a Iniciativa per Catalunya, perquè ha deixat al descobert que les relacions entre Joan Saura i Francesc Baltasar grinyolen. El conseller de Medi Ambient va assegurar que es va assabentar per la premsa de la detenció dels dos acusats de provocar l'incendi. En el cas que aquesta afirmació sigui certa, o com a mínim, més certa que la que va dir Baltasar quan va atribuir el foc a un llamp, aleshores el que hi ha és una manca de comunicació greu entre dos responsables del mateix govern, que a més són dos dirigents del mateix partit polític. Que no hi hagi comunicació entre dos departaments d'un govern ja és un fet greu en si mateix, perquè demostra una clara descoordinació, però això no és nou en el tripartit. El que li dóna rellevància política és el fet que els dos protagonistes d'aquest episodi siguin els principals representants d'ICV a l'executiu.
L'excusa que es dóna des d'Interior per justificar aquesta manca de comunicació és que els Mossos d'Esquadra estaven actuant com a policia judicial a les ordres del jutjat de Gandesa i no a instàncies del departament que comanda Saura. Però és una excusa poc creïble, perquè potser no estaven al dia de tots els detalls de la investigació, però segur que coneixien que s'estava fent i en tot cas, si que van assabentar de les detencions, perquè des de la direcció general d'Emergències es va informar els Bombers per SMS. Algunes fonts diuen que també hi va haver algun intercanvi d'SMS entre Saura i Baltasar, no precisament amistós, però ningú ho ha volgut confirmar oficialment i el conseller de Medi Ambient, davant la premsa, va insistir que se'n va assabentar pels mitjans de comunicació.
A ningú se li escapa que la relació entre Saura i Baltasar va quedar tocada després de la crisi de la sequera que va viure el tripartit durant la primera meitat de la legislatura. Diverses fonts van apuntar en aquell moment que el mateix conseller d'Interior va oferir al President de la Generalitat, José Montilla, la possibilitat de rellevar a Baltasar sense que aquest en tingués constància, cosa que finalment no es va produir, entre d'altres coses perquè el titular de Medi Ambient sempre ha mantingut una excel·lent relació amb el PSC, no només dins el govern, sinó ja abans, quan era alcalde de Sant Feliu de Llobregat. Des d'aquell moment les relacions entre els dos dirigents no han tornat a ser les mateixes i ara s'hi afegeix una topada per l'incendi d'Horta, que pot fer més gran l'escletxa, encara que públicament ja s'encarregaran de desmentir-ho en una compareixença conjunta al Parlament que tenen previst fer la setmana que ve.
